Narodil 21. júla 1880 v Košariskách ako šieste dieťa miestneho evanjelického farára Pavla Štefánika a jeho manželky Albertíny, rodenej Jurenkovej. Jeho otec bol skalopevný „národniar a slavianofil“ a tak vychovával i svoje deti. Základné vzdelanie získal Milan v rodnej obci, v maďarčine sa zdokonalil v Šamoríne. Neskôr študoval na ev. lýceu v Bratislave a v Šoproni. Po maturite na lýceu v Sarvaši v r. 1898 odišiel do Prahy študovať stavebné inžinierstvo na České vysoké učení technické.
Po dvoch rokoch prechádza na Filozofickú fakultu UK a venuje sa štúdiu matematiky a hvezdárstva. Okrem odborných astronomických prednášok ho zaujali aj prednášky prof. T. G. Masaryka z filozofie, čím sa tvorili základy ich budúcej politickej spolupráce. Štúdiá v Prahe skončil v roku 1904, keď bol promovaný za doktora filozofie. Po štúdiách odišiel do Paríža, kde pracoval ako asistent u astrofyzika J. Janssena, riaditeľa observatória v Meudone. Bol priekopníkom v metódach na výskum Slnka. Pozorovania robil na Mont Blancu, v Španielsku, Turkestane, Brazílii a v Tichomorí. Za vedecké práce získal cenu Francúzskej astronomickej spoločnosti, Janssenovu a Wildeho cenu Francúzskej akadémie vied.

Za vedecké a diplomatické úspechy dostal od Francúzskej vlády Rád rytiera Čestnej légie. Roky 1915 – 1919 predstavujú obdobie jeho úspešnej a intenzívnej diplomatickej a vojenskej činnosti. Ako francúzsky občan (od r. 1912) sa v r. 1915 dobrovoľne prihlásil k letectvu. Počas bojovej činnosti upútal na seba pozornosť odvahou, chladnokrvnosťou a vynaliezavosťou. Jeho vedecké a pilotné schopnosti využil veliteľ francúzskej armády maršal F. Foch, keď ho poveril organizáciou vojenskej meteorologickej služby. Jeho odvahu a vynikajúce služby ocenilo velenie francúzskej armády a udelilo mu Vojenský kríž. Jeho vojenská kariéra bola závratná. Za tri roky sa stal z desiatnika brigádny generál (v r. 1918).

Tragický posledný let
V nedeľu 4. mája 1919, krátko po ôsmej hodine ráno, vyštartovalo zo severného Talianska z letiska Campoformido pri Udine neďaleko rakúskych hraníc trojmotorové lietadlo Caproni 450. Sedeli v ňom dvaja talianski letci, taliansky mechanik a muž v generálskej uniforme: Milan Rastislav Štefánik. Po rokoch emigrácie sa vracal do vlasti. Počas vojny dosiahol závratnú kariéru: stal sa francúzskym brigádnym generálom, podpredsedom Československej národnej rady a ministrom vojny novovytvorenej Československej republiky. Štefánikovo lietadlo nabralo kurz na Bratislavu. To znamenalo zmenu trasy letu – pôvodne totiž malo letieť do Viedne. Tak sa píše v rozkaze, ktorý 13. apríla vydalo veliteľstvo talianskeho kráľovského letectva: pripraviť na letisku San Pelagio v Padove lietadlo do Viedne. Nebol to jednoduchý cieľ, Rakúsko bolo pred krátkym časom nepriateľskou mocnosťou a v ceste stáli vysoké hory. Preto vybrali do posádky mechanika Gabriella Aggiuntiho, letovú cestu z Padovy do Viedne už absolvoval. O dva týždne došlo k zmene. Na veliteľstvo letectva prišiel 30. apríla generál Štefánik a žiadal, aby cieľovým letiskom nebola Viedeň, ale Bratislava. Vzhľadom na technické možnosti lietadla, najmä na jeho dolet, navrhol, aby miesto odletu posunuli k Udine. Odtiaľ to bolo do Bratislavy o 140 kilometrov bližšie. O bratislavskom letisku nikto nevedel, veď v skutočnosti ani nejestvovalo. Až o štyri roky neskôr, v roku 1923, vo Vajnoroch splanírovali a odvodnili kus lúky a ohradili ho obyčajnými drevenými zafarbenými stĺpmi. Na kraji lúky postavili veľký vojenský stan, ktorý slúžil ako hangár, a prvé letisko bolo hotové. Neposkytovalo veľký luxus, ale stačilo na otvorenie pravidelnej linky Bratislava – Praha.

Štefánik sa však už v roku 1919 zaručil za kvalitu bratislavskej pristávacej plochy. Ten istý deň poslalo veliteľstvo talianskeho letectva veliteľovi talianskej vojenskej misie v Bratislave, generálovi Luigimu Piccionemu, telegram, v ktorom mu oznámilo, že Štefánik, ak to počasie dovolí, priletí do Bratislavy 2. mája alebo niektorý nasledujúci deň. Aj to je zvláštne. Prečo taký dôraz na Bratislavu?
Nespoľahlivé lietadlo
Štefánikov let do Bratislavy mal logiku v histórii – 4. februára sa do Bratislavy premiestnilo Šrobárovo ministerstvo a Bratislava sa stala hlavným mestom Slovenska. A práve Šrobár vo svojej nedôvere voči vysokým talianskym dôstojníkom nástojil, aby Štefánik, skúsený vojak a generál, prišiel do Bratislavy. Český diplomat Jan Šeba ponúkal Štefánikovi cestu vlakom v sanitnom vozni. Ako napísal v liste Štefánikovi, cesta lietadlom vyrobeným za vojny je veľmi riskantná, špeciálne Caproni sa mu videlo nespoľahlivé. Argumentoval nešťastnou nehodou svojho blízkeho priateľa. Navyše bola vojna, lietadlo sa mohlo stať ľahkým cieľom. Havária lietadla sa precízne nevyšetrila a úplne nevysvetlila. Podľa oficiálnych správ bolo príčinou zlé počasie (čo však svedecké výpovede vyvrátili – v ten deň bolo slnečno a slabý vietor), technická porucha lietadla (avšak škody spôsobené na stroji, veľké možnosti na núdzové pristátie a svedkami opisovaný výbuch viditeľný zo vzdialenosti vyše 10 km tomu nenasvedčuje) a streľba Maďarov (táto teória je však veľmi nepravdepodobná). Oficiálne vyšetrovanie tragickej nehody M. R. Štefánika čs. úradmi sa uskutočnilo až v roku 1926 – 1928.

Teória o atentáte
Podľa Emila Karola Kautského, zaoberajúceho sa analýzou historických okolností Štefánikovej smrti, majú nepriame dôkazy a štúdium povojnového vývoja v Česko-Slovensku naznačovať, že sa stal obeťou stretu francúzskeho a talianskeho geopolitického záujmu v strednej Európe či mocenských ambícií Edvarda Beneša a Tomáša G. Masaryka. Tomuto faktu nasvedčuje prudké nepriateľstvo medzi Štefánikom a Benešom po odhalení Benešovej tajne podpísanej zmluvy s Francúzskom (v neprospech Talianska) a po zistení spreneverenia darov zahraničných Slovákov na chod česko-slovenských légií. Podľa zástancov tejto teórie sú dôkazmi o atentáte pitevná správa, priebeh nehody ako aj fakt, že svedecké výpovede obsahujúce zmienku o streľbe boli vyšetrujúcimi orgánmi ignorované. Niektorí svedkovia tvrdili, že počuli streľbu alebo videli vojakov z kasární páliť na lietadlo. Podľa svedeckej výpovede pplk. Rudolfa Fabiána, sa na lietadlo strieľalo aj napriek tomu, že letci leteli nízko, kričali a mávali bielymi vreckovkami. Taktiež sa domnieval, že „možné by bolo, že vlastné hliadky rozostavené pri Ivánke na lietadlo strieľali.“ Za ďalší dôkaz je považovaný príbeh rádiotelegrafistu Jiřího Formana, uverejnený 26. mája 1996 v českých novinách Nedělní hlasatel vydávaných v Kanade. Podľa neho dostali prvé hlásenie o Štefánikovom prílete, no v druhom hlásení bolo lietadlo označené za nepriateľské a vydaný rozkaz na jeho zostrelenie. Z obavy o stíhanie spolu so svojim kolegom, taktiež svedkom incidentu, emigrovali do Francúzska. Po návrate do vlasti sa nedokázali skontaktovať s priateľmi z jednotky, pretože už nežili (podľa príbuzných sa stali obeťami havárie, našli ich obesených a pod.). Táto teória preto predpokladá, že nepohodlní svedkovia boli postupne odstránení tajnou políciou.